マンガ喫茶には貸与権は及びません。
マンガ喫茶は、その店の敷地内でマンガを読ませているだけで、それは著作権法上の「貸与」には該当しません。
当初マンガ家や出版者側は、おっしゃるように「貸与権」でマンガ喫茶を規制できると考えていた節がありますが、「貸与権」ではマンガ喫茶を規制できないと気づき、一度振り上げたコブシの落とし先として、一部のレンタルCD・DVD店がマンガを置き始めたことを取り上げ、レンタルコミックがターゲットとされた、という経緯があります。